Tras descubrir una serie de misteriosas pistas que se extienden por diferentes mundos y tiempos, Jacob Portman (Asa Butterfield), un muchacho de 16 años, emprende un viaje hacia una isla remota para buscar el orfanato donde su abuelo se crió. Su abuelo Abraham (Terence Stamp) murió de manera extraña, pero todas sus aventuras residen en la memoria del chico. En esta misteriosa isla, Jacob encuentra un lugar mágico conocido como El hogar de Miss Peregrine para niños peculiares.

Aunque los lugareños afirmen que murieron hace muchos años, allí viven niños y niñas fuera de lo habitual. Y es que, este inusual orfanato, que también es la entrada a un reino alternativo, lo habitan niños con poderes extraños con un pasado por desvelar. A todos ellos los cuida una guardiana mágica, Miss Peregrine (Eva Green). A medida que Jacob conoce a los extraordinarios residentes del orfanato, y aprende acerca de sus poderes especiales, descubrirá su propia «peculiaridad». Jacob ayudará a este grupo de niños huérfanos, protegiéndolos y alejándolos de las horribles criaturas que amenazan con destruirlos.